สัตว์เลื้อยคลานโดยทั่วไป จะมีรยางค์เป็นคู่และมักจะมีนิ้วเท้าทั้งหมด 5 นิ้ว เพื่อช่วยในการเคลื่อนที่ไปมาได้อย่างรวดเร็ว โครงสร้างโดยทั่วไปประกอบด้วยกระดูกที่มีการเจริญเติบโตเป็นอย่างดี มีการปรับโครงสร้างและสภาพร่างกายเพื่อรองรับการปีนป่าย การวิ่ง รวมทั้งการว่ายน้ำ 

          สัตว์เลื้อยคลานจะมีต่อมที่บริเวณผิวหนังน้อยมากหรือไม่มีเลยในบางกลุ่มและบางชนิด สัตว์เลื้อยคลานมีผิวหนังที่ประกอบด้วยอิพิเดอร์มิสที่บางและหนา มีเดอร์มิสที่มีเซลล์เม็ดสี (Chromatophore) ช่วยทำให้ผิวหนังของสัตว์เลื้อยคลานมีสีสันต่างๆ เช่น สีเกล็ดของงูชนิดต่างๆ สีเกล็ดของจระเข้ หรือสีเกล็ดของกิ้งก่า จิ้งเหลน เป็นต้น เกล็ดของสัตว์เลื้อยคลานส่วนใหญ่เกิดจากอิพิเดอร์มิส ซึ่งในบางชนิดจะมีเกล็ดถาวรตลอดชีวิต ตั้งแต่ออกจากไข่จนเจริญเติบโตเป็นตัวเต็มวัน เช่น จระเข้ เหี้ย มังกรโคโมโด แอลลิเกเตอร์ ฯลฯ

          สัตว์เลื้อยคลาน มีการปรับสภาพร่างกายหลายอย่าง ซึ่งทำให้สัตว์เลื้อยคลานนั้นสามารถที่จะดำรงชีวิตอยู่ในสภาพภูมิอากาศที่ร้อนและแห้งแล้งได้ ผิวหนังของสัตว์เลื้อยคลาน มีความแห้ง  รวมทั้งไม่มีต่อมเหงื่อและต่อมน้ำมันอยู่ใต้ชั้นของผิวหนัง  ซึ่งจะช่วยทำให้ตัวมันเองป้องกันการสูญเสียน้ำและการระเหยของน้ำได้เป็นอย่างดี

          สิ่งที่สำคัญที่สุดของกลุ่มสัตว์เลื้อยคลานคือ มีการวิวั๖นาการให้มีการปฏิสนธิของตัวอ่อนภายในเปลือกไข่ ซึ่งเป็นการปรับตัวตามสภาพสิ่งแวดล้อม เพื่อให้มีการดำรงชีวิตให้รอดพ้นจากแหล่งน้ำ

          นอกจากนี้ยังมีวิวัฒนาการของเปลือกไข่ เพื่อช่วยให้ตัวอ่อนภายในไข่มีชีวิตรอดออกมาเป็นตัว เปลือกไข่ของสัตว์เลื้อยคลานจะมีลักษณะพิเศษจึงทำให้สัตว์จำพวกนี้ สามารถวางไข่บนพื้นดินที่แห้งได้ เอมบริโอจะเจริญเติบโตและลอยตัวอยู่ในของเหลวภายในไข่ ที่ทำหน้าที่ห่อหุ้มเยื้อหุ้มไข่ (Amnion) เอมบริโอจึงมีของเหลวล้อมรอบเช่นเดียวกับการวางไข่ในแหล่งน้ำ นอกจากนี้เอมบริโอยังมีถุงอาหารที่มีเยื่ออัลแลนทอยส์ (Allantois) ซึ่งเป็นเยื่อสำหรับแลกเปลี่ยนอากาศผ่านเปลือกไข่ ที่เยื้ออัลแลนทอยส์จะมีถุงสำหรับสะสมของเสียที่เกิดขึ้นในระหว่างการเจริญเติบโต จนเป็นตัวเต็มวัยก่อนออกจากไข่